La Unidad de Auditoría Interna tiene asignadas las siguientes funciones:
Asesoría y apoyo al Director de la Oficina en la definición de políticas relativas al ejercicio de las funciones de orientación y coordinación del Sistema de Control Interno.
Asesoría a las Direcciones y/o Unidades de la Oficina en el efectivo ejercicio del Control Interno, cumplimiento de las disposiciones legales, aplicación adecuada de los procedimientos contables y observancia de las recomendaciones establecidas por la Unidad y mantener permanentemente informados a sus encargados sobre el Control Interno.
Planificación de las actividades de Auditoría Interna, conforme a lo establecido en las normas emitidas por la Contraloría General de Cuentas y los reglamentos, acuerdos y procedimientos emitidos por la Oficina Nacional de Servicio Civil, que regulan el funcionamiento de la Unidad, informando veraz y oportunamente a la Autoridad Superior.
Elaboración del Plan Anual de Auditoría -PAA- con base en los objetivos generales de la Institución, así como las normas y criterios técnicos emitidos por la Contraloría General de Cuentas para ejecutar oportunamente las auditorías planificadas.
Evaluación permanente de los sistemas integrados de administración y finanzas, herramientas tecnológicas y procesos de control interno.
Evaluación de la legalidad y calidad del gasto del presupuesto asignado a la Oficina.
Las que le sean asignadas por el Director de la Oficina Nacional de Servicio Civil.